Und wird auch erst nach dem direkten  Vergleich angewandt.
Genau das verstehe ich allerdings nicht. Dann würde das Elfmeterschießen ja nur bei Unentschieden Sinn machen. Wären Bremen und Altona am Ende punkt- und torgleich, hätte Altona den direkten Vergleich ja gewonnen?!
Zählt nicht vielmehr nach Punkt- und Torgleichheit sofort das Elfmeterschießen - und der direkte Vergleich bleibt außen vor?
Nein.
http://www.nordfv.de/fileadmin/Herren/Aufstieg_RLN1617_Ausschr_160518.pdfAufsteiger   aus   der   Aufstiegsrunde   sind   die   beiden   Mannschaften,   die   nach
Durchführung  aller  sechs Spiele  die  meisten Punkte  gewonnen  haben. 
Bei Punktgleichheit entscheidet die Differenz aus erzielten und hingenommenen Toren
über  die  Platzierung;  bei  gleichem  Punktestand  und  gleicher  Tordifferenz  gibt  die 
höhere Zahl der erzielten Tore den Ausschlag. Sind diese dann auch noch gleich, wird 
nach dem Ergebnis des Spiels gegeneinander zu Gunsten des Siegers entschieden. 
Nach    jedem    Spiel findet    unabhängig    vom    Spielausgang    zusätzlich    ein 
Elfmeterschießen (gemäß DFB-Fußball-Regeln 2015/2016, S. 113-116) statt, dessen 
Ergebnis   als   Hilfsergebnis   für eine eventuell   notwendige   Zusatz-Wertung   im 
Freifeld des ‚Spielbericht Online‘ (SBO) zu vermerken ist. Nur diese Ergebnisse des 
Elfmeterschießens  werden statt  Losentscheid  analog  zu  den  beiden  vorherigen 
Absätzen für eine Entscheidung herangezogen, 
sofern die Punkt-und Tordifferenz 
mehrerer Mannschaften gemäß dem vorhergehenden Absatz gleich sein sollte.